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細菌denovo測序

 產品簡介

      一般情況下細菌基因組小于<10M,而三代測序一個測序單元cell,數據產出在700M~1G左右,因此其測序深度可以達到70x~100x。加上三代單分子測序所提供的超長的測序讀長,一個測序單元就可以拼接出一個完成的測序基因組。與2代高通量測序比較起來還具有無GC便好、PCR擴增便好并直接從中獲得基因組表觀修飾信息等優點。

技術路線

案例解析

案例一:三代測序組裝痢疾桿菌基因組

       選取從一戰期間(1951年)保存至今的培養在多爾塞特卵培養基中的1株痢疾桿菌NCTC1,借用單分子測序PacBio RS II平臺,進行基因組測序。測序深度達到250X,與高通量測序miseq測序結果進行比較,并為發現SNP位點。并與1954年、1984年的菌株進行基因組水平比較,發現綠色為毒力基因有明顯增加,抗性基因并為變化。
抗性基因注釋數據為ARDB數據庫。

Baker K S, Mather A E, McGregor H, et al. The extant World War 1 dysentery bacillus NCTC1: a genomic analysis[J]. The Lancet, 2014, 384(9955): 1691-1697.


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