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宏轉錄組

產品簡介

      宏轉錄組研究的是某一特定環境、特定時期群體生物全部基因組轉錄情況以及轉錄調控情況。  擴增子測序只能揭示微生物群落中成員多樣性的組成情況,宏基因組只能從DNA水平預測潛在的代謝功能和基因表達,然而在特定的時空下并非所有的基因都會表達。因此有些情況下,需要分析微生物群落的mRNA表達情況。

技術路線

案例解析

       羊的甲烷排放有高有低。研究者選取了4個高排放量,4個低排放量和2個中等排放量多樣本分別進行了微生物多樣性、宏基因組、宏轉錄組。從物種分類角度沒有發現統計意義上的差異性。(物種分類的差異比較涉及到的是細菌和古細菌、細菌、以及古細菌),因為甲烷代謝過程主要涉及的是古細菌。關鍵的最后通過宏基因組與宏轉錄組的分析,宏基因組分析并沒有得到差異性。

A圖是整個甲烷代謝的通路圖橙色的是整個過程中涉及到的酶

B圖用宏基因組分析得到的每種酶的豐度NS 代表沒有差異性的縮寫

C圖宏轉錄組分析酶的表達*代表有統計意義差異

D圖宏轉錄組涉及到的酶的種類多差異性

Shi W, Moon C D, Leahy S C, et al. Methane yield phenotypes linked to differential gene expression in the sheep rumen microbiome[J]. Genome research, 2014, 24(9): 1517-1525.

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